MS6.0处理石墨烯分子问题
想通过MS6.0处理浸在电解 液中的石墨烯，分析其表面的离子分布情况，请问该如何操作？ 首先是电荷添加。如果模型很大，而且不知道每个C原子的电荷，可以考虑整体赋电荷值，让某一层石墨烯带上正电荷或者负电荷；如果模型不大，又能知道每个C原子的电荷，可以考虑每个原子赋电荷值。 然后是环境调整和计算： 1.可以使用DMol3追加溶剂的办法，如果你觉得水比较重要，可以考虑追加溶剂，但是只限于DMol3模块使用该方法。还有一种追加溶剂的办法就是用Blend把你的石墨烯分子和较多的水结合起来，这样的话也可以代表溶剂环境。第三种追加溶剂的办法就是用AdsorptionLocator把水通过模拟退火引到你的石墨烯分子中。 2.Na+和Cl-和追加溶剂的后两种办法一样，目的都是为了让系统通过各种算法自动地把你所想引入的一些环境因素引入到你的模拟体系中。当然也可以手动。 3.计算离子分布情况，也就是非键作用的一种选择，可以在模型建立完之后先几何优化，然后可以获得热力学上一个比较合适的构象，于是就可以进行分析了。 4. 此外还可以再算算分子动力学，看看时间尺度上的情况。
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