用两个DNA片段进行连接，产物用酶切开，大小为什么变了？

两个片段均是用NEB的BsaI内切酶消化得到，不过对于两个的末端是否是匹配，目前尚不清楚，正准备送测序。不管两个末端是否匹配，连接后的产物是能通过抗生素筛选的。将连接产物提取质粒后，再用BsaI进行酶切，大小却变了。连接的大片段是3kb，小片段是900bp，连接后，提取质粒，再消化，大片段变成了2kb左右，小片段的大小倒是没有变化。费解的就是为什么连接后再酶切，片段的大小竟然变了。